به نقل از اداره کل روابط عمومی و امور بین‌الملل دیوان محاسبات کشور، گزارش دیوان محاسبات کشور از آخرین وضعیت بدهی سازمان هدفمندسازی یارانه‌ها به خزانه‌داری کل نشان می‌دهد که مانده بدهی این سازمان به خزانه‌داری کل کشور تا پایان سال ۱۴۰۳، بر اساس مجوزهای صادره، بالغ بر ۲۶۴ هزار و ۵۰۰ میلیارد تومان است که شامل ۱۹۰ هزار میلیاردتومان از محل منابع عمومی، ۴۰ هزار میلیاردتومان از محل منابع تنخواه‌گردان خزانه و ۳۴ هزار و ۵۰۰ میلیارد تومان بدهی انتقال‌یافته از سال ۱۴۰۲ است.

همچنین در این گزارش اشاره شده است که عدم ایفای تعهدات ارزی و ریالی از سوی شرکت‌های دولتی ذی‌مدخل در تامین منابع سازمان هدفمندسازی و همچنین ضعف در راهبری و اعمال کنترل موثر از جانب بانک مرکزی، وزارت امور اقتصادی و دارایی و سازمان برنامه‌وبودجه، منجر به بروز بی‌انضباطی مالی، تاخیر در تامین به موقع منابع و تعویق در تسویه بدهی با خزانه‌داری کل کشور شده است.